《制度儒学》反思了近代以来，特别是新儒家将儒学窄化为心性之学的缺失，主张以精神理想和现实制度相结合的方式来审视儒家的本来面目和未来发展空间，书中有三个中心议题，其一是儒家与中国传统的政治制度和社会秩序之间的关系；其二是以康有为和孔教会为中心讨论儒家在近代中国如何面临制度化解体和重建的复杂进程；其三则是通过批林批孔等典型事例的分析，讨论儒家与现代中国政治和社会变革的关联，思考如何重建儒家与中国人生活的关系。《《制度儒学》》认为儒家应该在未来中国的发展中发挥应有作用，且中国人在进行制度创新和价值重建的过程中，必须充分吸收儒家的资源。而传统与现代、激进与保守的二元对立，是达成儒家价值重生、实现民族复兴的思想基础。